(詳見計畫書第6-32~6-34頁 第四節 實施進度及經費)

一、事業計畫
（一）分期分區開發計畫
配合園區開發進度及廠商建廠期程，本計畫區分兩期開發建設，第一期開發為期16年，開發面積約為638.49公頃（即原臺南園區），第二期開發為期17年，開發面積約為400.16公頃，兩期重疊時間11年，亦即總共需時22年，總開發面積為1038.65公頃。目前第一期基地迄今工程進度約達99％，已於民國100年底完成開發；第二期基地刻正開發中，工程進度約達80％，預計民國109年開發完成，然為配合產業發展需求，於公共設施工程施工同時，即同步引進廠商建廠。


（二）開發方式
1.土地取得方式
計畫區內土地除少部份國有土地以有償撥用方式取得外，其餘大部份土地（含台糖公司土地及私有地）則以一般徵收方式取得。目前土地取得部分皆已完成，本次涉及變更範圍土地皆已屬國有地，並為南部科學工業園區管理局管理範圍。
2.開發方式
（1）聯外道路：園區北、東、南側三條聯外道路，位於園區外土地由臺南縣政府負責以徵收方式取得，而工程設計、施工及工程費則由南部科學工業園區管理局負責。
（2）公共設施用地：目前尚未開闢之公共設施用地，除變電所用地（變1剩餘未開闢面積為2.52 公頃）由需地機關編列預算開闢、水七用地得依「臺南市獎勵投資辦理都市計畫公共設施辦法」辦理，其他公共設施用地部分，則由科技部編列預算，南部科學工業園區管理局負責執行開發。
（3）事業專用區及其他用地：由南部科學工業園區管理局依據「科學工業園區設置管理條例」規定辦理。

二、財務計畫

（一）經費來源
本計畫開發建設經費，屬自償部分由作業基金自行負擔，非自償部份編列公務預算支應，其自償率之計算係依經建會於90年6月13日總(九０)字第02748號函指示：科學園區作業基金應將擴建區含新竹園區（竹南、銅鑼、篤行）、臺南園區（包含高雄園區）共同考量，以符實際，非自償部份則由公務預算編列不足差額補貼利息。

（二）經費預估
目前計畫區均已完成土地取得作業，故本次檢討針對涉及檢討變更之公共設施及區內尚未開闢之公共設施用地，編列開闢工程經費。

三、營運管理計畫
（一）營運組織
組織架構編制係依「科學工業園區設置管理條例」設置園區管理單位，包含行政、業務、財務、管理、維護及企劃部門。根據不同區域類別之部門功能，編制人員數目及職務分配。
（二）管理事項
1.園區發展政策規劃、研究發展業務推動與管制考核、科技人才培訓、員工子弟教育之協調、園區投資引進與初步評估、外賓接待、保稅貿易管理及資訊業務之規劃與管理。
2.園區工商行政、勞工行政與勞動檢查業務、儲運中心及保稅倉庫之設立輔導；預防走私與安全防護，交通、消防安全、服務業進駐有關軟硬體之督導協調及環境保護相關業務之規劃管理事項。
3.園區開發各項公共設施、廠房與住宅之興建維護管理、園區土地取得與管理、園區土地、廠房與住宅之租賃管理、園區土地使用規劃管制與建築管理及景觀規劃管理等事項。